密室逃脱13的秘密任务主要集中在解谜机制与场景互动上，玩家需通过观察环境、组合道具、破解密码等方式推进剧情。关键任务包括滑轮房间调试、留声机机关激活、禁闭之石标志收集等。这些任务通常需要多步骤操作，例如在滑轮房间中，玩家需根据灯光暗示调整滑轮位置以触发隐藏柜子；而留声机任务则涉及唱片、高音符与转盘的精确组装，最终开启集团宝库场景。
秘密任务的核心在于逻辑推理与细节观察。剧场后台的留声机机关需先关闭电源、拔除唱针，再通过猫头鹰雕像的翅膀与音符面板联动才能获取转盘。部分任务如禁闭之石标志的收集，需在士兵盾牌下或剧情对话中获取，并完成对应的小游戏才能进入黑暗之城。此类设计强调玩家对场景元素的系统性分析，避免遗漏关键线索。
游戏中的通风管道、墓穴探索等场景也包含隐藏任务。通风管道关卡要求玩家组合紫外线灯与电线，通过二进制密码（0代表灭、1代表亮）破解防护网；墓穴任务则需利用双目镜定位攻击目标，获取暗门密码。这些任务通常需要道具合成，如将透镜罩与把手组合成双目镜，或用电线与灯泡制作紫外线工具。
最终阶段的别墅任务整合了此前所有机制，玩家需在下水道收集太阳与月亮标识，安装后触发机关。此类任务强调全局思维，例如脏衣服、打火石等看似无关的道具可能关联后续解谜。游戏通过层层嵌套的谜题设计，确保玩家在完成秘密任务时需兼顾即时操作与长期策略。
密室逃脱13的秘密任务通过环境叙事与机制融合提升沉浸感，玩家需保持耐心与细致才能逐一攻克。
