技能学习是提升战斗力的核心机制之一。口袋妖怪主要通过升级、技能机器（TM）、隐藏机器（HM）、教学招式以及特定NPC教授等方式掌握新技能。升级是最基础的技能获取途径，随着等级提升，口袋妖怪会自动领悟符合其种族特性的技能，但部分技能需要达到特定等级才能解锁。技能机器和隐藏机器则提供更灵活的学习方式，玩家可通过探索地图、击败训练师或完成剧情获得这些道具，使用后能让符合条件的口袋妖怪永久掌握对应技能，但HM技能通常需要道馆徽章才能在外使用。
部分技能需要通过特殊NPC教学获得。月见山的理科男生会教授百万吨拳击或百万吨飞踢，玩家需二选一；而紫苑镇的NPC会传授山崩地裂等强力招式。这类技能通常无法通过其他途径学习，且教学机会有限，需谨慎选择受益对象。野生原野区的深处可找到教授冲浪术的NPC，但需先获得浅红市道馆徽章才能激活该技能的实际效果。技能的教学往往伴随剧情推进或地图探索，因此建议玩家在关键节点前存档，避免错过重要技能。
技能遗忘与重新学习也是技能系统的关键部分。游戏中存在遗忘爷爷这一NPC，可让口袋妖怪遗忘已掌握的技能，包括HM技能。这一机制尤其适用于后期调整队伍配置时，需替换低效或重复的技能。需遗忘后的技能无法自行恢复，但部分重要技能可通过特定NPC重新学习，例如七岛之旅中获得的特殊道具可解锁技能回忆功能。合理规划技能遗忘与回忆能显著优化战斗策略，尤其是在挑战联盟或高难度对战前。
技能搭配需综合考虑属性克制、威力与附加效果。火红版中，技能分为物理、特殊与变化三类，早期版本以攻击属性而非技能本身判定伤害类型，因此需注意口袋妖怪的攻击与特攻种族值。暴鲤龙虽为水属性，但其高攻击种族值更适合搭配攀瀑而非水炮。变化类技能如催眠粉或电磁波则能提供控场能力，适合消耗型战术。技能池的深度与多样性决定了战斗的灵活性，建议根据队伍整体需求分配技能资源，避免过度依赖单一技能类型。
击败火箭队首领坂木后可获得观测镜，用于在宝可梦塔解锁隐藏区域；而圣安奴号的船长会赠送居合斩，这类技能通常与剧情道具绑定。部分技能如闪光需通过博士助手赠送，前提是捕获一定数量的口袋妖怪。探索过程中的细节交互常被忽略，但往往能提供关键技能，建议玩家与地图中的每个NPC对话并反复检查可疑区域。
