帝王三国2作为一款策略型三国手游，其副本系统设计丰富多样，包含普通、精英、传说三种基础难度以及隐藏组队副本。通关普通难度后解锁精英难度，通关精英难度后才能挑战传说难度，难度越高获得高品质装备的概率越大。传说关卡不仅提供优质装备，还有机会俘虏名将，这些设定为玩家提供了循序渐进的成长路径和持续挑战的动力。
军令系统是副本挑战的核心限制机制，每日上限60个军令会随时间恢复，也可通过黄金或礼金购买。组队副本作为精英和传说难度下的隐藏内容，需要玩家协作完成，虽然难度较高但能获取极品装备。这种设计既保证了日常游戏的节奏感，又鼓励玩家进行社交互动，共同挑战高难度内容。
主线任务副本提供最基础的经验值和剧情体验；精英副本和传说副本作为进阶选择，产出更高级装备；隐藏组队副本则面向追求顶级装备的玩家。首次通关副本可获得多倍经验奖励，这种首通机制有效激励玩家尝试各类副本。副本还设有过关攻略查看功能，系统会自动抓取战斗力最低的通关记录作为参考。
从资源获取角度分析，副本是白银、礼金等重要资源的主要来源。玩家可通过征收、偷税、排名战、千军战等多种方式获取白银；礼金则通过成就奖励、摇钱果等活动获得。这些资源对玩家发展至关重要，合理规划副本挑战顺序能显著提升资源积累效率。游戏还设有强化石合成系统，玩家可通过战神鼎将低级强化石合成为高级强化石，成功率100%。
帝王三国2的副本系统构建了完整的挑战梯度，从普通到传说的难度递进配合组队玩法，既满足单人体验也鼓励多人协作。各类副本在资源产出、装备获取、名将招募等方面各有侧重，玩家可根据自身发展阶段和目标选择适合的副本类型。游戏通过军令限制和首通奖励等机制，有效调控玩家进度并保持长期挑战乐趣。
